خصوصیات مولکولی و آنالیز فیلوژنتیک تحت ژنوتیپ VIIl اورتوآوولاویروس 1 پرندگان جدا شده از زاغی اوراسیایی (پیکا پیکا)

نوع مقاله : مقاله کوتاه

نویسندگان

چکیده

بیماری نیوکاسل (ND) به عنوان یک بیماری ویروسی بسیار واگیر طبقه بندی شده، که همچنان به عنوان یک تهدید پایدار برای پرندگان وحشی و ماکیان تجاری باقی مانده است. هدف: در این مطالعه، ما اورتوآوولاویروس 1 پرندگان (AOaV-1) را که تحت عنوان EM1 نامگذاری گردید از زاغی اوراسیایی (پیکا پیکا) جداسازی و مشخص کردیم.روش کار: توالی نوکلئوتیدی و اسید آمینه پروتئین فیوژن (پروتئین F) EM1 تعیین شد و رابطه فیلوژنتیک آن با ژنوتیپ‌های AOaV-1 که از گونه‌های پرندگان وحشی و ماکیان در سراسر دنیا نشأت گرفته بودند، به خوبی مشخص شد. نتایج:‌ آنالیز فیلوژنتیکی و توالی اسید آمینه ژن F نشان داد که ویروس EM1 متعلق به ویروس‌های تحت ژنوتیپ VIIl با تعیین توالی اسید آمینه‌های مولتی بازیک که مشخصه موتیف ولوژنیک 117112RRQKRF در محل شکافت پیش پروتئین فیوژن آن می‌باشد. EM1 از نظر توالی نوکلئوتیدی و اسید آمینه‌ای پروتئین F شباهت زیادی با ویروس‌های موجود در این تحت ژنوتیپ نشان داد. همچنین فاصله تکاملی بین ویروس مورد مطالعه و ویروس‌های متعلق به تحت ژنوتیپ VIIl بیانگر یک ارتباط نزدیک و احتمالا یک جد مشترک است. نتیجه‌گیری: نتایج حاکی از آن است که AOaV-1 تحت ژنوتیپ VIIl در حال گردش در ایران می‌باشد و در بین گونه‌های پرندگان وحشی و اهلی در حال انتشار می‌باشد که می‌تواند منجر به عفونت سرریز دوطرفه گردد. بنابراین، مطالعات اپیدمیولوژیک بیشتر می‌تواند در ارزیابی تکاملی AOaV-1 در میزبان‌های خودش سودمند بوده و به ما کمک کند تا در مواجهه با ظهور تحت ژنوتیپ‌های جدید این ویروس، به خوبی مجهز باشیم.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


Alexander, DJ (2011). Newcastle disease in the European Union 2000 to 2009. Avian Pathol., 40: 547-558.
Courtney, SC; Susta, L; Gomez, D; Hines, LN; Pedersen, JC; Brown, CC; Miller, PJ and Afonsoa, CL (2013). Highly divergent virulent isolates of Newcastle disease virus from the Dominican Republic are members of a New Genotype that may have evolved unnoticed for over 2 decades. J. Clin. Microbiol., 51: 508-517.
Czegledi, A; Ujvari, D; Somogyi, E; Wehmann, E; Werner, O and Lomniczi, B (2006). Third genome size category of avian paramyxovirus serotype 1 (Newcastle disease virus) and evolutionary implications. Virus Res., 120: 36-48.
Diel, DG; da Silva, LH; Liu, H; Wang, Z; Miller, PJ and Afonso, CL (2012). Genetic diversity of avian paramyxovirus type 1: proposal for a unified nomenclature and classification system of Newcastle disease virus genotypes. Infect. Genet. Evol., 12: 1770-1779.
Dimitrov, KM; Bolotin, V; Muzyka, D; Goraichuk, IV; Solodiankin, O; Gerilovych, A; Stegniy, B;
Goujgoulova, GV; Silko, NY; Pantin-Jackwood, MJ; Miller, PJ and Afonso, CL
(2016). Repeated isolation of virulent Newcastle disease viruses of sub-genotype VIId from backyard chickens in Bulgaria and Ukraine between 2002 and 2013. Arch. Virol., 161: 3345-3353.
ICTV (2018). Virus taxonomy: the classification and nomenclature of viruses. The Online Report of the ICTV. https://talk.ictvonline.org/taxonomy/. Accessed July 2019, Budapest, Hungary.
Kant, A; Koch, G; Van Roozelaar, DJ; Balk, F and Huurne, AT (1997). Differentiation of virulent and non-virulent strains of Newcastle disease virus within 24 hours by polymerase chain reaction. Avian Pathol., 26: 837-849.
Kimura, M (1980). A simple method for estimating evolutionary rate of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. J. Mol. Evol., 16: 111-120.
Kumar, S; Stecher, G and Tamura, K (2016). MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol. Biol. Evol., 33: 1870-1874.
Miller, PJ; Decanini, EL and Afonso, CL (2010). Newcastle disease: evolution of genotypes and the related diagnostic challenges. Infect. Genet. Evol., 10: 26-35.
Molouki, A; Mehrabadi, MHF; Bashashati, M; Akhijahani, MM; Lim, SHE and Hajloo, SA (2019). NDV subgenotype VII(L) is currently circulating in commercial broiler farms of Iran, 2017-2018. Trop. Anim. Health Prod., 51: 1247-1252.
Qin, ZM; Tan, LT; Xu, HY; Ma, BC; Wang, YL; Yuan, XY and Liu, WJ (2008). Pathotypical characterization and molecular epidemiology of Newcastle disease virus isolates from different hosts in China from 1996 to 2005. J. Clin. Microbiol., 42: 601-611.
Rahman, AU; Habib, M and Shabbir, MZ (2018). Adaptation of Newcastle disease virus (NDV) in feral birds and their potential role in interspecies transmission. Open Virol. J., 12: 52-68.
Sabouri, F; Vasfi Marandi, V and Bashashati, M (2017). Characterization of a novel VIIl sub-genotype of Newcastle disease virus circulating in Iran. Avian Pathol., 47: 90-99.
Sergel, T; McGinnes, L and Morrison, T (1993). Role of a conserved sequence in the maturation and function of the NDV HN glycoprotein. Virus Res., 30: 281-294.
Shengqing, Y; Kishida, N; Ito, H; Kida, H; Otsuki, K; Kawaoka, Y and Ito, T (2002). Generation of velogenic Newcastle disease viruses from a nonpathogenic waterfowl isolate by passaging in chickens. Virology. 301: 206-211.
Steward, M; Vipond, IB; Millar, NS and Emmerson, PT (1993). RNA editing in Newcastle disease virus. J. Gen. Virol., 74: 2539-2547.