ویروس اسهال ویروسی گاو (BVDV) یکی از مهمترین عوامل بیماریزای ویروسی گاو در جهان به شمار میرود. هدف از مطالعه حاضر تعیین خصوصیات مولکولی و آنالیز، فیلوژنتیک عفونت BVDV در تعدادی از گاوهای استان فارس، ایران میباشد. به همین منظور در پایش اولیه، تعداد 400 نمونه خون از 12 گاوداری صنعتی با سابقه اسهال، سقط جنین یا تولد گوسالههای ضعیف جمعآوری و به روش RT-PCR مورد آنالیز قرار گرفت. در مرحله بعد، تعداد 100 نمونه خون و بیوپسی بافت گوش از گاوهای آلوده مرحله اول بعد از 3 هفته تهیه گردید و با روشهای ACE، IHC و RT-PCR مورد ارزیابی مقایسهای قرار گرفتند. نتایج آزمایش RT-PCR در پایش اولیه نشان دهنده آلودگی 16 مورد از 400 نمونه مورد آزمایش (4%) بود. همچنین 8 مورد از 100 نمونه مرحله بعدی به وسیله همه روشهای تشخیص به صورت یکسان مثبت (8%) تشخیص داده شد. واکنش ایمنی به آنتی ژن BVDV به صورت رنگ قهوهای گرانولر در سیتوپلاسم سلولهای پوششی اپیدرم، فولیکولهای مو و سلولهای استرومایی زیر جلدی مشاهده گردید. آنالیز توالی ژنتیک، هر دو ژنوتیپ BVDV-1 و BVDV-2 را نشان داد که در ترسیم درخت فیلوژنی به نامهای BVDV1-FarsA، BVDV1-FarsB و BVDV2-FarsA معرفی گردید. در مجموع بر اساس نتایج این مطالعه با توجه به حضور هر دو ژنوتیپ ویروس در گاوهای منطقه، اهمیت تشخیص و حذف گاوهای دارای عفونت مزمن و پایدار برای کنترل و ریشهکنی بیماری در استان فارس مورد تأکید قرار میگیرد.