مطالعات فیلوژنی نشان داده‌اند که باکتری اشریشیا کلی (E. coli) از چهار گروه اصلی فیلوژنی A)، B1، B2 و (D تشکیل شده است. تعیین گروه‌های فیلوژنی دارای اهمیت کلینیکی می‌باشد چنان که گروه A و B1 عموما در ارتباط با سویه‌های کمنسال بوده در حالی که بیشتر جدایه‌های بیماریزای روده‌ای در گروه D طبقه بندی می‌شوند و گروه B2 مربوط به سویه‌های بیماریزای خارج روده‌ای می‌باشد. تعداد 100 سویه باکتری اشریشیا کلی جدا شده از نمونه‌های مدفوع سگ، طیور، نشخوارکنندگان (گوسفند، بز و گاو) و انسان تحت مطالعه فیلوژنی بر اساس روش triplex PCR و با استفاده از ترکیب سه مارکر ژنتیکی chuA،yjaA و قطعه TspE4.C2 از DNA قرار گرفت. بیشتر جدایه‌های جمع آوری شده متعلق به گروه D (44%) و سپس گروه A (32%) و B2 (24%) بودند. بر اساس منشاء نمونه، گروه‌های D، A و B2 به ترتیب دارای شیوع 7/16%، 50% و 3/33% برای جدایه‌های سگ، 8/52%، 1/36% و 1/11% برای جدایه‌های طیور، 2/41%، 4/29% و 4/29% برای جدایه‌های نشخوارکنندگان و 9/60%، 7/8% و 4/30% برای جدایه‌های انسان بوده و هیچ کدام از سویه‌ها در میزبان‌های مورد مطالعه متعلق به گروه B1 نبوده‌اند. این مطالعه نشانگر وجود تفاوت مشخص در گروه‌ها و زیرگروه‌های فیلوژنی و مارکرهای ژنتیکی باکتری اشریشیا کلی در بین میزبان‌های مختلف مورد مطالعه می‌باشد.
)