شناسایی میکروRNA‌های جسم زرد آبستنی بوفالو (بوبالوس بوبالیس) با روش Deep Sequencing

نوع مقاله : مقاله کوتاه

نویسندگان

چکیده

هدف از انجام این مطالعه، شناسایی میکروRNA‌های جسم زرد (CL) در بوفالو‌های آبستن بود. به منظور انجام این تحقیق 2 عدد CL، از رحم بوفالو‌های آبستن جمع‌آوری و RNAهای آن‌ها جداسازی شدند. سپس خلوص و سلامت RNAها مورد بررسی قرار گرفت و به منظور انجام Deep Sequencing از Illumina Hiseq 2500 platform استفاده شد. کیفیت توالی یابی، با شناسایی توالی‌های پایا، جدید و اهداف میکروRNA‌ها قبل از آنالیز درون رایانه‌ای مورد ارزیابی قرار گرفت. در این مطالعه از بین 3018 میکروRNA شناسایی شده، 3013 مورد قبلا شناسایی شده بودند و 5 مورد جدید هم در هم ترازی با ژنوم مرجع شناخته شدند. علاوه بر این، ژن یابی ژن‌های هدف فرضی برای میکروRNAهای فراوان شناسایی شده نشان داد که ژن‌های متعددی از قبیل HOX، KLF4، NCOR2، CDKN2Z، MAPK7، COX2، PPARA، PTEN، ASS3A، ELK1، CASP3، BCL211، MCL1، CCND2، Cyclin A2 و CDC25A در ماه‌های اولیه آبستنی بوفالو‌ها دخیل هستند که این ژن‌ها با فرآیند‌های گوناگون خانه نگه‌دار سلولی از قبیل آپوپتوز در ارتباط هستند. در نهایت، این مطالعه شناسایی میکروRNAهای (miRNAs) جدید و پایا را در CL آبستنی بوفالو، با روش Deep Sequencing گزارش کرد.

کلیدواژه‌ها

مراجع

Betel, D; Wilson, M; Gabow, A; Marks, DS and Sander, C (2008). The microRNA.org resource: targets and expression. Nucleic Acids Res., 36: D149-D153.
Blanchette, M; Kent, WJ; Riemer, C; Elnitski, L; Smit, AF; Roskin, KM; Baertsch, R; Rosenbloom, K; Clawson, H; Green, ED; Haussler, D and Miller, W (2004). Aligning multiple genomic sequences with the threaded blockset aligner. Genome Res., 14: 708-715.
Campanile, G; Di Palo, R; Neglia, G; Vecchio, D; Gasparrini, B; Prandi, A; Galiero, G and D’Occhio, MJ (2007). Corpus luteum function and embryonic mortality in buffaloes treated with a GnRH agonist; hCG and progesterone. Theriogenology. 67: 1393-1398.
Dillies, MA; Rau, A; Aubert, J; Hennequet-Antier, C; Jeanmougin, M; Servant, N; Keime, C; Marot, G; Castel, D; Estelle, J; Guernec, G; Jagla, B; Jouneau, L; Laloë, D; Le Gall, C; Schaëffer, B; Le Crom, S; Guedj, M and Jaffrézic, F (2013). A comprehensive evaluation of normalization methods for Illumina high-throughput RNA sequencing data analysis. Brief Bioinform., 14: 671-683.
Friedländer, MR; Mackowiak, SD; Li, N; Chen, W and Rajewsky, N (2012). miRDeep2 accurately identifies known and hundreds of novel microRNA genes in seven animal clades. Nucleic Acids Res., 40: 37-52.
Hossain, MM; Sohel, MMH; Schellander, K and Tesfaye, D (2012). Characterization and importance of microRNAs in mammalian gonadal functions. Cell Tissue Res., 349: 679-690.
Hsu, SD; Tseng, YT; Shrestha, S; Lin, YL; Khaleel, A; Chou, CH; Chu, CF; Huang, HY; Lin, CM; Ho, SY; Jian, TY; Lin, FM; Chang, TH; Weng, SL; Liao, KW; Liao, IE; Liu, CC and Huang, HD (2013). miRTarBase update 2014: an information resource for experimentally validated miRNA-target interactions. Nucleic Acids Res., 42:D78-D85. http://www.ansci.wisc.edu/jjp1/ansci_repro/ lab/female_anatomy/crown_rump_calculators.htm. Website visited on 20th June 2015.
Kozomara, A and Griffiths-Jones, S (2014). MiRBase: annotating high confidence microRNAs using deep sequencing data. Nucleic Acids Res., 42: D68-D73.
Langmead, B; Trapnell, C; Pop, M and Salzberg, SL (2009). Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome. Genome Biol., 10: R25.
Maalouf, SW; Liu, WS; Albert, I and Pate, JL (2014). Regulating life or death: potential role of microRNA in rescue of the corpus luteum. Mol. Cell Endocrinol., 398: 78-88.
Martin, M (2011). Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads EMB Net. Journal 17.1 http://dx.doi.org/10.14806/ej.17.1.200.
Niswender, GD; Juengel, JL; Silva, PJ; Rollyson, MK and McIntush, EW (2000). Mechanisms controlling the function and life span of the corpus luteum. Physiol. Rev., 80: 1-29.
Orom, UA; Nielsen, FC and Lund, AH (2008). MicroRNA-10a binds the 5’UTR of ribosomal protein mRNAs and enhances their translation. Mol. Cell., 30: 460-471.
Portt, L; Norman, G; Clapp, C; Greenwood, M and Greenwood, MT (2011). Anti-apoptosis and cell survival: a review. Biochim. Biophys. Acta., 1813: 238-259.

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار