آنالیز فیلوژنیک سروتیپ Asia1 سلیمانیه/عراق ویروس بیماری پا و دهان با استفاده از پروتئین VP1: هتروژنوئیتی با سویه واکسن As1/Shamir/89

نوع مقاله : مقاله کوتاه

نویسندگان

چکیده

سروتیپ‌های O، A و Asia1 ویروس بیماری پا و دهان یا تب برفکی (FMDV) مسؤول تعداد قابل توجهی از رخداد بیماری در عراق هستند. مطالعه حاضر می‌تواند به عنوان اولین تعیین خصوصیات مولکولی سروتیپ Asia1 در عراق محسوب شود. بررسی حاضر ردیابی سروتیپ Asia1 FMDV از مزارع محلی در صحراهای سلیمانیه در رخدادهای 2012 و 2014 را گزارش می‌کند. آنالیز فیلوژنیک ژن کامل VP1 نشان داده است که جدایه‌های مزرعه‌ای FMDV Asia1، بخشی از واریانت جدید ژنتیکی Sindh-08 (group VII) شامل سویه‌های PAK/iso/11 و TUR/13 بودند. توالی پروتئین VP1 از ژنوتیپ FMDV Asia1 گردش خون هتروژنوسیتی 9 جایگزین اسید آمینه در حلقه G-H با سویه واکسنی As1/Shamir/89 (JF39177) را نشان داد که در حال حاضر در برنامه واکسیناسیون در عراق استفاده می‌شود. نتایج ما نشان داد که تفاوت‌ها در پروتئین VP1 در حلقه G-H سویه سروتیپ Asia1 FMDV در جریان موضعی ممکن است دلیلی برای شکست واکسیناسیون فعلی باشد.

کلیدواژه‌ها


Acharya, R; Fry, E; Stuart, D; Fox, G; Rowlands, D and Brown, F (1989). The three-dimensional structure of foot-and-mouth disease virus at 2.9 Å resolution. Nature. 337: 709-716.
Ansell, D; Samuel, A; Carpenter, W and Knowles, N (1994). Genetic relationships between foot-and-mouth disease type Asia 1 viruses. Epidemiol. Infect., 112: 213-224.
Carrillo, C; Tulman, E; Delhon, G; Lu, Z; Carreno, A; Vagnozzi, A; Kutish, G and Rock, D (2005). Com-parative genomics of foot-and-mouth disease virus. J. Virol., 79: 6487-6504.
Domingo, E; Escarmı́s, C; Baranowski, E; Ruiz-Jarabo, CM; Carrillo, E; Núñez, JI and Sobrino, F (2003). Evolution of foot-and-mouth disease virus. Virus Res., 91: 47-63.
El-Kholy, AA; Soliman, HM; Helmy, NA and Rahman, AOA (2007). Genetic identification of the foot-and-mouth disease virus caused 2006 outbreak in Egypt. Arab. J. Biotech., 10: 193-206.
Ferris, N and Donaldson, A (1992). The World Reference
Laboratory for Foot and Mouth Disease: a review of thirty-three years of activity (1958-1991). Revue Scientifique et Technique (International Office of Epizootics). 11: 657-684.
Jamal, SM and Belsham, GJ (2013). Foot-and-mouth disease: past, present and future. Vet. Res., 44: 116.
Jamal, SM; Ferrari, G; Ahmed, S; Normann, P and Belsham, GJ (2011). Molecular characterization of serotype Asia-1 foot-and-mouth disease viruses in Pakistan and Afghanistan; emergence of a new genetic group and evidence for a novel recombinant virus. Infect. Genet. Evol., 11: 2049-2062.
Jelokhani-Niaraki, S; Esmaelizad, M; Daliri, M; Vaez-Torshizi, R; Kamalzadeh, M and Lotfi, M (2010). Sequence and phylogenetic analysis of the non-structural 3A and 3B protein-coding regions of foot-and-mouth disease virus subtype A Iran 05. J. Vet. Sci., 11: 243-247.
Li, P; Lu, Z; Bao, H; Li, D; King, DP; Sun, P; Bai, X; Cao, W; Gubbins, S and Chen, Y (2011). In-vitro and in-vivo phenotype of type Asia 1 foot-and-mouth disease viruses utilizing two non-RGD receptor recognition sites. BMC Microbiol., 11: 154.
Logan, D; Abu-Ghazaleh, R; Blakemore, W; Curry, S; Jackson, T; King, A; Lea, S; Lewis, R; Newman, J and Parry, N (1993). Structure of a major immunogenic site on foot-and-mouth disease virus. Nature. 362: 566-568.
Rashid, PMA; Marouf, AS; Raheem, ZH and Babashekh, MO (2014). Phylogenic analysis and molecular characterization of Slemani/Kurdistan/2013 foot and mouth disease virus shows circulation of new genotype in Iraq J. Zankoy Sulaimani. Part A. 16: 3.
Reid, SM; Ferris, NP; Hutchings, GH; Samuel, AR and Knowles, NJ (2000). Primary diagnosis of foot-and-mouth disease by reverse transcription polymerase chain reaction. J. Virol. Methods. 89: 167-176.
Ruiz-Jarabo, CM; Arias, A; Baranowski, E; Escarmís, C and Domingo, E (2000). Memory in viral quasispecies. J. Virol., 74: 3543-3547.
Sabar, AA; Al-Banna, AS; Abdul-Rasoul, LM and Abood, BK (2012). Diagnostic study of FMD virus in different area in Iraq. In: Proceeding of the Eleventh Veterinary Scientific Conference. 55.
Saeed, A; Khan, QM; Waheed, U; Arshad, M; Asif, M and Farooq, M (2011). RT-PCR evaluation for identification and sequence analysis of foot-and-mouth disease serotype O from 2006 to 2007 in Punjab, Pakistan. Comp. Immunol. Microbiol. Infect. Dis., 34: 95-101.
Soleimanjahi, H; Sedeh, FM; Jalilian, A and Mahravani, H (2013). Sequence analysis of the foot and mouth disease virus type O/IRN/2007 VP1 gene from Iranian isolate. Folia Biol. (Praha), 59: 93-98.
Tamura, K; Stecher, G; Peterson, D; Filipski, A and Kumar, S (2013). MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Mol. Biol. Evol., 30: 2725-2729.
Thompson, JD; Higgins, DG and Gibson, TJ (1994). CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res., 22: 4673-4680.
Zinnah, M; Islam, M; Rahman, M; Hossain, M; Bari, M; Haque, M; Khan, M and Islam, M (2012). Standardization of multiplex reverse transcription-polymerase chain reaction and typing of foot-and-mouth disease virus prevalent in Bangladesh. Bangladesh J. Vet. Med., 8: 149-155.