Shiraz University Iranian Journal of Veterinary Research 1728-1997 26 1 2025 03 20 Genome-wide association studies for conformation traits in the Turkish Holstein cattle population مطالعات ارتباط ژنومی در سطح گسترده برای صفات ساختاری در جمعیت گاوهای هولشتاین ترکیه 59 67 8201 10.22099/ijvr.2025.50205.7407 EN S. Koncagül Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Ankara University, Ankara, Turkey A. Kasakolu Ph.D. Student in Animal Breeding and Genetics, Department of Animal Science, Graduate School of Natural and Applied Sciences, Ankara University, Ankara, Turkey M. Yıldırır Ph.D. in Animal Science, International Center for Livestock Research and Training, Ankara, Turkey E. Ünay Ph.D. in Animal Nutrition, Ministry of Agriculture and Forestry, Ankara, Turkey H. Koyun Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Van Yüzüncü Yıl University, Van, Turkey İ. Karakoyunlu MSc in Animal Breeding, Cattle Breeder Association of Turkey, Ankara, Turkey O. Yiğit Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Ankara University, Ankara, Turkey A. Ö. Şen Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Ankara University, Ankara, Turkey Journal Article 2024 05 16 Background: Conformation traits (CNTs) are part of the selection goals that significantly affect cow economic efficiency, health, welfare, and productive life in the dairy industry. Aims: This study focused on a genome-wide association study (GWAS) and genetic parameters estimation for 21 CNTs, including udder, leg-foot, body, type, and final classification traits in the Turkish Holstein (THol) dairy cattle population. Methods: A restricted maximum likelihood with a univariate model including the fixed effects of herd-year-season and days in milk was used. The total dataset consisted of CNTs records and Affymetrix BovineSNP54K data for 3,008 THol cows that calved from 2019 to 2022. The gene ontology and Kyoto Encyclopedia of genes and genome pathway databases were used to assign genes to functional categories. The biological pathways were performed in BioMart databases. Results: The heritability of these 21 CNTs ranged from 0.01 (udder index) to 0.133 (udder depth). A total of 16 significant single nucleotide polymorphisms (SNP) associated with 13 CNTs was identified. Significant SNP overlap in the candidate genes, which include ITGB1, TNN, and SEMA3D, have potential for researchers and breeders for CNTs in cattle breeding. Conclusion: These results provide valuable knowledge and contribute to the elucidation of the genetic factors responsible for conformation traits in dairy cattle populations. پیشینه: صفات ساختاری (CNTs) بخشی از اهداف انتخاب هستند که به طور قابل توجهی بر کارایی اقتصادی گاو، سلامت، رفاه و طول عمر تولیدی در صنعت لبنیات تاثیر می‌گذارند. هدف: این مطالعه بر روی یک مطالعه ارتباط ژنومی در سطح گسترده (GWAS) و برآورد پارامترهای ژنتیکی برای 21 صفت ساختاری شامل صفات مربوط به پستان، پا و سم، بدن، نوع و طبقه‌بندی نهایی در جمعیت گاوهای شیری هولشتاین ترکیه (THol) متمرکز شده است. روش کار: از روش حداکثر درست‌نمایی محدود با مدل تک‌متغیره شامل اثرات ثابت گله-سال-فصل و روزهای شیردهی استفاده شد. مجموعه داده‌ها شامل رکوردهای صفات ساختاری و داده‌های Affymetrix BovineSNP54K برای 3008 رأس گاو هولشتاین ترکیه بود که بین سال‌های 2019 تا 2022 زایش داشتند. از پایگاه‌های داده ژن آنتولوژی و کیوتو انسایکلوپدی ژن‌ها و ژنوم برای اختصاص ژن‌ها به دسته‌های عملکردی استفاده شد. مسیرهای بیولوژیکی در پایگاه‌های داده BioMart بررسی شد. نتایج: وراثت‌پذیری این 21 صفت ساختاری از 01/0 (شاخص پستان) تا 133/0 (عمق پستان) متغیر بود. در مجموع 16 پلی‌مورفیسم تک‌نوکلئوتیدی (SNP) معنی‌دار مرتبط با 13 صفت ساختاری شناسایی شد. SNP‌ های معنی‌دار با ژن‌های کاندید که شامل ITGB1، TNN و SEMA3D هم‌پوشانی داشتند که پتانسیل بالایی برای محققان و پرورش‌دهندگان در زمینه صفات ساختاری در پرورش گاو دارند. نتیجه‌گیری: این نتایج دانش ارزشمندی فراهم کرده و به روشن‌سازی عوامل ژنتیکی مسؤول صفات ساختاری در جمعیت گاوهای شیری کمک می‌کند.

https://ijvr.shirazu.ac.ir/article_8201_9ba6f27d1af294e81c85dc723ed52f7d.pdf