Shiraz University Iranian Journal of Veterinary Research 1728-1997 20 1 2019 03 01 Genotyping of avian infectious bronchitis virus in Afghanistan (2016-2017): the first report ژنوتایپینگ ویروس برونشیت عفونی پرندگان در افغانستان (2016 تا 2017): اولین گزارش 60 63 5145 10.22099/ijvr.2019.5145 EN N. Sadri Department of Microbiology and Immunology, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran, Iran A. Ghalyanchilangeroudi Department of Microbiology and Immunology, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran, Iran M. H. Fallah Mehrabadi Department of Poultry Diseases, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Tehran, Iran H. Hosseini Department of Clinical Sciences, Faculty of Veterinary Medicine, Karaj Branch, Islamic Azad University, Alborz, Iran A. Shayeganmehr Department of Avian Diseases, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran, Iran M. S. Sediqian Department of Animal Science and Biology, Veterinary Faculty, Hariwa University, Herat, Afghanistan M. Jabbarifakhr Department of Microbiology and Immunology, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran, Iran A. M. Hamdan Department of Microbiology and Immunology, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran, Iran F. S. Mousavi Department of Microbiology and Immunology, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran, Iran Journal Article 2018 05 06 <strong>Background:</strong> Avian infectious bronchitis (IB) is a highly contagious viral disease which affects the poultry industry. The virus exists in a wide variety of genotypes, and phylogenetic analysis has been used to classify infectious bronchitis virus (IBV) strains. <strong>Aims:</strong> The object of the study is a molecular characterization of circulating IBV in Afghanistan as a first study. <strong>Methods:</strong> The tracheal tissue specimens from 100 different commercial broiler flocks with respiratory distress in Afghanistan were collected during 2016-2017. After real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RRT-PCR), IBV-positive samples were further characterized. A 390 bp hypervariable spike glycoprotein gene segment was amplified using Nested PCR, sequenced, and analyzed. <strong>Results:</strong> The results of real-time RT-PCR showed that 45/100 of the mentioned flocks were IBV positive. Phylogenetic analysis of all positive samples revealed that IBV strains were clustered into two distinct genotypes: LX4 (GI-19) (9/45) and IS-1494 like (GI-23) (34/45). Also, 2 of the 45 samples remained uncharacterized. <strong>Conclusion:</strong> It is the first study focusing on the molecular epidemiology of IBV in Afghanistan, extending our understanding of IB in the region. These results showed the high rate of IB infection in Afghanistan broiler farms and confirm the continuing monitoring of IBVs to modify the vaccination program. <strong>پیشینه:</strong> برونشیت عفونی (IB) پرندگان یک بیماری ویروسی بسیار واگیردار است که دارای اثرات اقتصادی بر صنعت طیور می‌باشد. این ویروس دارای ژنوتیپ‌های متفاوتی می‌باشد و برای طبقه‌بندی سویه‌های ویروس برونشیت عفونی (IBV) از تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک استفاده شده است. <strong>هدف:</strong> تعیین ژنوتیپ‌های ویروس برونشیت عفونی پرندگان در حال چرخش در افغانستان برای اولین بار بوده است. <strong>روش کار:</strong> نمونه‌های نای از 100 گله مختلف گوشتی تجاری با علایم تنفسی در افغانستان در طی سال‌های 2016 تا 2017 جمع‌آوری شد. بعد از انجام نسخه برداری معکوس-واکنش زنجیره‌ای پلیمراز زمان حقیقی RRT-PCR))، نمونه‌های مثبت مشخص شد. یک بخش ژن گلیکوپروتئین اسپایک bp 390 با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز آشیانه‌ای، توالی یابی گردید و مورد بررسی قرار گرفت. <strong>نتایج:</strong> نتایج RRT-PCR نشان داد که 45 گله از 100 گله ذکر شده مثبت بودند. تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک تمام نمونه‌های مثبت نشان داد که سویه‌های ویروس برونشیت عفونی به دو گروه ژنوتیپ متمایز تقسیم می‌شوند: LX4 (GI-19) (9/45) و شبه IS-1494 (34/45) (GI-23). همچنین 2 نمونه از 45 نمونه قابل شناسایی نبودند. <strong>نتیجه‌گیری:</strong> این اولین مطالعه‌ای است که بر روی اپیدمیولوژی مولکولی ویروس برونشیت عفونی در افغانستان تمرکز دارد و بینش ما از برونشیت عفونی در منطقه را گسترش داده است. این نتایج نشان دهنده میزان بالای عفونت برونشیت عفونی در مزارع طیور گوشتی افغانستان می‌باشد و بر ادامه پایش روی ویروس برونشیت عفونی جهت اصلاح برنامه‌های واکسیناسیون تایید می‌نماید. https://ijvr.shirazu.ac.ir/article_5145_84d61f9884ede4a2d839613925236128.pdf