Shiraz University Iranian Journal of Veterinary Research 1728-1997 18 3 2017 09 01 Phylogenic analysis of serotype Asia1 foot-and-mouth disease virus from Sulaimani/Iraq using VP1 protein: heterogeneity with vaccine strain As1/Shamir/89 آنالیز فیلوژنیک سروتیپ Asia1 سلیمانیه/عراق ویروس بیماری پا و دهان با استفاده از پروتئین VP1: هتروژنوئیتی با سویه واکسن As1/Shamir/89 212 215 4226 10.22099/ijvr.2017.4226 EN M. O. Baba Sheikh School of Informatics and Computing, Indiana University-Purdue University, Indianapolis, 46202, India; Department of Molecular Biology, Veterinary Laboratory Center, Sulaimani Veterinary Directorate, Sulaimani, Iraq P. M. A. Rashid Department of Molecular Biology, Veterinary Laboratory Center, Sulaimani Veterinary Directorate, Sulaimani, Iraq A. S. Marouf Department of Molecular Biology, Veterinary Laboratory Center, Sulaimani Veterinary Directorate, Sulaimani, Iraq Z. H. Raheem Department of Molecular Biology, Veterinary Laboratory Center, Sulaimani Veterinary Directorate, Sulaimani, Iraq S. C. Janga School of Informatics and Computing, Indiana University-Purdue University, Indianapolis, 46202, India; Center for Computational Biology and Bioinformatics, and Department of Medical and Molecular Genetics, Indiana University School of Medicine, India Journal Article 2016 02 28 Foot-and-mouth disease virus (FMDV) serotypes O, A and Asia1 are responsible for a significant number of disease outbreaks in Iraq. The current study can be considered as the first molecular characterization of serotype Asia1 in Iraq. The present investigation reports the detection of serotype FMDV Asia1 from local farms in Sulaimani districts in 2012 and 2014 outbreaks. Phylogenetic analysis of the complete <em>VP1</em> gene has shown that FMDV Asia1 field isolates were under genetic novel variant Sindh-08 (group VII) including PAK/iso/11 and TUR/13 strains. The VP1 protein sequence of circulatory FMDV Asia1 genotype showed heterogeneity of nine amino acid substitutions within the G-H loop with the vaccine strain As1/Shamir/89 (JF739177) that is currently used in vaccination program in Iraq. Our result indicated that differences in VP1 protein at G-H loop of the locally circulated FMDV serotype Asia1 strain may be a reason for current vaccination failure. سروتیپ‌های O، A و Asia1 ویروس بیماری پا و دهان یا تب برفکی (FMDV) مسؤول تعداد قابل توجهی از رخداد بیماری در عراق هستند. مطالعه حاضر می‌تواند به عنوان اولین تعیین خصوصیات مولکولی سروتیپ Asia1 در عراق محسوب شود. بررسی حاضر ردیابی سروتیپ Asia1 FMDV از مزارع محلی در صحراهای سلیمانیه در رخدادهای 2012 و 2014 را گزارش می‌کند. آنالیز فیلوژنیک ژن کامل <em>VP1</em> نشان داده است که جدایه‌های مزرعه‌ای FMDV Asia1، بخشی از واریانت جدید ژنتیکی Sindh-08 (group VII) شامل سویه‌های PAK/iso/11 و TUR/13 بودند. توالی پروتئین VP1 از ژنوتیپ FMDV Asia1 گردش خون هتروژنوسیتی 9 جایگزین اسید آمینه در حلقه G-H با سویه واکسنی As1/Shamir/89 (JF39177) را نشان داد که در حال حاضر در برنامه واکسیناسیون در عراق استفاده می‌شود. نتایج ما نشان داد که تفاوت‌ها در پروتئین VP1 در حلقه G-H سویه سروتیپ Asia1 FMDV در جریان موضعی ممکن است دلیلی برای شکست واکسیناسیون فعلی باشد. https://ijvr.shirazu.ac.ir/article_4226_97fef59715c10306e11d2e1184e11cc8.pdf