Shiraz University Iranian Journal of Veterinary Research 1728-1997 16 3 2015 09 01 Estimating microsatellite based genetic diversity in Rhode Island Red chicken تعیین تنوع ژنتیکی بر اساس میکروستلیت در جوجه رود آیلند قرمز 274 277 3193 10.22099/ijvr.2015.3193 EN A. K. Das Molecular Genetics Laboratory, Avian Genetics and Breeding Division, Central Avian Research Institute, Izatnagar 243122, Bareilly, Uttar Pradesh, India S. Kumar Molecular Genetics Laboratory, Avian Genetics and Breeding Division, Central Avian Research Institute, Izatnagar 243122, Bareilly, Uttar Pradesh, India A. Rahim Molecular Genetics Laboratory, Avian Genetics and Breeding Division, Central Avian Research Institute, Izatnagar 243122, Bareilly, Uttar Pradesh, India Journal Article 2014 12 02 This study aimed to estimate microsatellite based genetic diversity in two lines (the selected RIRS and control line RIRC) of Rhode Island Red (RIR) chicken. Genomic DNA of 24 randomly selected birds maintained at Central Avian Research Institute (India) and 24 microsatellite markers were used. Microsatellite alleles were determined on 6% urea-PAGE, recorded using GelDoc system and the samples were genotyped. Nei’s heterozygosity and Botstein’s polymorphic information content (PIC) at each<br />microsatellite locus were estimated. Wright’s fixation indices and gene flow were estimated using POPGENE software. All the microsatellite loci were polymorphic and the estimated PIC ranged from 0.3648 (MCW0059) to 0.7819 (ADL0267) in RIRS and from 0.2392 (MCW0059) to 0.8620 (ADL0136) in RIRC. Most of the loci were highly informative (PIC>0.50) in the both lines, except for five loci in RIRS and six loci in RIRC line. Nei’s heterozygosity per locus ranged from 0.4800 (MCW0059) to 0.8056 (ADL0267) in RIRS and from 0.2778 (MCW0059) to 0.875 (ADL0136) in RIRC. Out of 24 loci, 15 (62.5%) in RIRS and 14 loci (58.33%) in RIRC revealed moderate to high negative FIS index indicating heterozygote excess for these loci in corresponding lines, but the rest revealed positive FIS indicating heterozygosity deficiency. A mean FIS across the both lines indicated overall 10.77% heterozygosity deficit and a mean FIT indicated 17.19% inbreeding co-efficient favoring homozygosity over the two lines. The mean FST indicated that 10.18% of the microsatellite variation between the two lines was due to their genetic difference. هدف این مطالعه بررسی تنوع ژنتیکی بر اساس میکروستلیت در دو لاین (RIR^s انتخابی و لاین RIR^c کنترل) جوجه رود آیلند قرمز بود. DNA ژنومی 24 پرنده به طور تصادفی انتخاب و نگهداری شده در پژوهشکده مرکزی تحقیقات طیور (هند) و 24 شاخص میکروستلیت استفاده گردیدند. الل‌های میکروستلیت بر روی urea-PAGE 6% تعیین شده، ‌با استفاده از سیستم GelDoc ثبت شده و نمونه‌ها تعیین ژنوتیپ شدند. هتروزیگوسیتی نئی و محتوای اطلاعات پلی‌مورفیک Botstein در هر جایگاه میکروستلیت برآورد شد. شاخص‌های فیکاسیون رایت و جریان ژن با استفاده از نرم افزار POPGENE تعیین شدند. همه جایگاه‌های میکروستلیت پلی‌مورفیک بوده و PIC تعیین شده در RIR^s در محدوده 3648/0 (<em>MCW0059</em>) تا 7819/0 (<em>ADL0267</em>) و در RIR^c از 2392/0 (<em>MCW0059</em>) تا 8620/0 (<em>ADL0136</em>) بودند. از میان 24 جایگاه،‌ 15 (5/62%) در RIR^s و 14 جایگاه (33/53%) در RIR^c شاخص متوسط تا بالای F_IS منفی را تأیید نمودند که نشان دهنده هتروزیگوسیتی بیش از حد این جایگاه‌ها در لاین‌های مربوطه بود، ‌اما بقیه جایگاه‌ها، مؤید ‌F_IS مثبت بودند که نشانگر کمبود هتروزیگوسیتی بود. F_IS متوسط در هر دو لاین کاهش 77/10% هتروزیگوسیتی را نشان داد و F_IS متوسط ضریب درون آمیزی 19/17% مؤید هموزیگوسیتی بالای دو لاین را نشان داد. F_ST متوسط نشان داد که 18/10% از تنوع میکروستلیت بین دو لاین ناشی از تفاوت ژنتیکی آن‌ها بود. https://ijvr.shirazu.ac.ir/article_3193_a0109be8b8818c5f0645898c1f89e768.pdf